袁世凯在外务部尚书任内，做得另一件很有意义的事是禁止鸦片进入。
鸦片的传入中国，对中国的危害极大。林则徐等有识之士，为了禁止鸦片曾做出过不懈地努力，但始终没能禁住。
袁世凯任外务部尚书后，马上着手了与英国禁止鸦片进口地交涉。
经多次磋商后，于一九零七年十二月，中国外务部就禁止鸦片进口事宜致函英国驻中国使馆，明确表示，吗啡“如查有不因医治使用贩运来华者，一概不准进口”。同时表明，中国也将限制种植罂粟等作物。
经过一番努力，英国**同意从一九零八年一月开始，减少从印度运往中国的鸦片，十年内禁绝。禁止鸦片进入终于通过外交地努力，有了一次重大地进展。
后来，一九一一中英又续订条约，规定自一九一一年一月起，至一九一五年完全停止进口鸦片。祸害中国几十年的毒品，终于以条约的形式明文禁止了进口。对此，袁世凯功不可没。
当然，他的一位多年以来，一直在外交官岗位上的英国朋友朱尔典，也给予了很大的帮助。对于袁世凯的这位英国朋友，我们在后边会进一步认识。
除此，袁世凯在外务部任内，也为收回天津浦口铁路、沪杭甬铁路的路权，做出了卓有成效的努力。
分别于一九零八年订立了《天津浦口铁路借歀合同》、一九零八年三月六日签订了《沪杭甬铁路借歀合同》，把借歀和路权剥离。
津浦路是我国南北交通的大动脉，北起天津，南至浦口，路经河北、山东、安徽、江苏四省，全长一千多公里公里。始建时，计八十二个站(长淮卫等五个小站不在其内)。一九零八年动工兴修，一九一一年竣工通车。
一八九九年英国驻华公使马可独与德使秘密商妥，由两国银行团签订有关协定，合资修筑津镇铁路并联合向清**提出承筑津镇铁路的要求，获准。五月十八日清**督办铁路大臣许景澄与英德两银行团签订了《津镇铁路草合同》三十五条。五月二十一日具奏奉旨允准。合同规定：自天津经德州、济南至峄县为北段，自峄县至镇江为南段。北段和南段的建造、行车一切事宜，分别由德华银行和中英公司代为经理。
借款共七百四十万英镑，年息五厘，九折付款，以路产及营业收入作担保。自一九零一年起，四年内还清。借款还清以后，铁路才能归中国自理。并规定南北两段各设一总局，各由华员二人、洋员三人组成。草合同签订之后，由于一九零零年的义和团运动，修筑津镇路未能开工。
光绪三十三年(一九零七)四月十七日，袁世凯、张之洞电奏朝廷，请派外务部左侍郎梁敦彦与德华银行代表柯达士、英国中英公司代表濮兰德筹议修建铁路事宜获准，特派袁世凯为督办大臣与德、英银行议商。结果，争执五月，始有成议。并以直、鲁、皖、苏四省绅民的请求为由，改自天津筑至浦口，定为“中国国家天津浦口铁路”。
一九零八年元月十三日，正式签订了《天津浦口铁路借款合同》，计二十四条。仍规定分南北两段修筑，以山东驶县韩庄运河桥为界。借款暂定五百万英镑，年息五厘，自一九一九年起二十年内分期还清。1
上海至杭州、宁波铁路。初名苏杭甬铁路。清光绪二十四年(一八九八)曾订立中英苏杭甬铁路草约，拟由英国借款代筑，路权属于英国。因为当时清廷无钱修路，为收回路权，解决无钱修路的问题，通过袁世凯的努力，改由同英国借款修路。清光绪三十四年二月，《中英沪杭甬铁路借款合同》成立，工程起点改为上海，与沪宁路相接，由邮传部出面借英款一百五十万镑。
用现在的话说就是引进外资。
还有，在袁世凯的任内，还对外务部的所有衙门进行了整顿。明确了岗位责任，无论办事的效率，人员办公的纪律，都有了明显的改观。用很多人的话说，他当外务部尚书后，外务部各方面的面貌焕然一新。
一九零八年十一月十四日、十五日，三十八岁的光绪皇帝和七十四岁的慈禧先后死去。按慈禧死前的安排，载沣的长子溥仪继承大统。
因溥仪只有三岁，载沣为摄政王。
按慈禧遗命，遇有重大事件需请示隆裕太后（光绪皇帝之妻）。
隆裕太后没有能力，也没有很强的权力欲，摄政王载沣实际上成了最高统治者。载沣是醇亲王奕譞的第五个儿子，是光绪皇帝的亲弟弟。
光绪如何地恨袁世凯，这是尽人皆知的事。
有记载，光绪常在纸上画个乌龟，写上袁世凯的名字，每天不知要用针扎多少次，以解心头之恨。
因为光绪皇帝死时只有三十八岁，正值壮年，所以他的死留下了很多说法。
第一种：慈禧知道自已即将归西天，不愿意在他死后，光绪皇帝重新掌权，派人毒死了光绪帝。
主要依据有清末给光绪看病的名医屈桂庭他的回忆录中说：“光绪在临死前三天，在床上不停地翻滚，并且不停地大叫，‘肚子疼得不得了。’脸色发暗，舌头又黄又黑，明显是中毒症状。”
根据这种说法，光绪是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太后，因为她是当时最有权势、又严密控制光绪帝的、是最好下毒、最可能下毒的人。
第二种：袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实权，报复自已在戊戌变法出卖皇帝的行为，于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。
这种说法最有权威的依据是清朝最后一个皇帝溥仪的说法，溥仪说：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：’光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。后来才知道这剂药是袁世凯送的。”
第三种：太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。
第四种：这有专家根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其它并发症，导致死亡的。
第五种：光绪帝有严重的肾亏，加上光绪帝从小身体虚弱。从几岁起就受慈禧的压制，长期处在紧张之中。后来又在做皇帝时更是经历一连串的挫折和打击，病情逐渐加重，引起一系列呼吸道、消化道、等并发病症，最后病亡。这一说法主要依据是光绪生前的病历和光绪生前自已的一段回忆。
但是，仇恨袁世凯的人和袁的政敌更愿意相信，光绪是被袁世凯所害。
可以想象，如果慈禧死在光绪皇帝前面，光绪可以亲政，要做的第一件事，肯定就是杀袁世凯。
现在，皇权落入了光绪的家人之手，光绪的家人和袁世凯的政敌看到机会来了，纷纷上奏朝廷，要求杀袁世凯实现光绪皇帝的遗愿。
逃亡海外的康有为和梁启超也分别发表讨袁檄文，提出“先帝之丧苟有可疑，袁世凯固賊也；即无可疑，袁世凯也賊也。”
是说，无论光绪皇帝的死与袁世凯有无关系，袁世凯都是賊，都必须除之。
在一片倒袁声中，袁世凯可谓惶惶不可终日。
外界也有种种猜测，担心中国的对外政策发生变化。
一九零八年的十一月二十一日，二十六岁的摄政王载沣首次接见外国公使，袁世凯在坐。
似乎给人传递出的信息是：诛杀袁世凯的消息不过是谣言。
同年十二月二日，溥仪正式登皇帝位，定明年也就是一九零九年为宣统元年。
溥仪登基的第二天，清廷重申了准备立宪的时间表，宣布宣统八年，也就是一九一六年颁布宪法。
表示，政治体制改革的国策将继续坚持。
十二月十三日颁布监国的摄政王礼节，也就是在制度上明确了摄政王的权限，向外传递的信息是，治国不能靠个人的随意性，而要用制度和规章。
十二月十六日，十八日连续下旨，要求各省督抚认真考查吏治，要求各级官员崇尚节俭，摒弃浮华，是告诉国民，新政权要反腐败了。
十二月十九日，封官加冕，奕劻被赏加世袭罔替，也就是被封为铁帽子王。载沣的兄弟载洵、载涛被加郡王衔。张之洞和袁世凯加太子太保衔。
奕劻和袁世凯的加封，遭到了倒袁派的强烈反对。
御史江春霖上书摄政王：“伏思庆王在庚子虽稍有微劳，而自当国以来，政以贿行，官以私进，如袁世凯、徐世昌、杨士骧、赵秉钧、冯汝骙、唐绍仪、袁树勋、增韫等，莫不以重贿破格擢用。
“而袁尤为其腹心，借新政为名，引用私党，遂令官场相习成风，以奔走为事，钻营为能。令今摄政王监国，此风少息，盖以我摄政王素有贤声，将退小人而用君子。今庆、袁等又邀巨宠矣，不知者以为庆王宠仍不替，宵小之徒且复彈冠相庆矣，袁等之门又如市矣，造端虽微，而关系于前途者甚巨。我摄政王其重思之。”