由灵帝下令，尚书台发布诏书，雒阳中央军出动了。
雒阳中央军的人数并不多，主要有光禄勋掌握的羽林军和虎贲军，执金吾属下的缇骑和执戟卫士，卫尉属下的南宫卫士，北宫卫士，左右都侯和诸宫门司马，以及北军五校，再加上十二城门的城门校尉，总人数在一万两千人上下。
但此时一出动，对于洛阳城中几千的太平道信徒是完全足够的，而且是灵帝本人下令动员，那些不怎么动弹的老爷兵们终于知道有好处可以拿，迅速封锁城门道路，关上雒阳城门，大肆搜捕太平道教众。
黄巾之乱，从现在，就已经算作是开始了。
而袁术本人此时很是兴奋，因为袁逢回来的时候告诉他已经被提拔为执金吾，成为了两千石的高官。他领了诏命，来到执金吾的衙门，向执金吾上下传达了大肆搜捕太平道信徒的命令。
一时间整个洛阳城内到处都可以看到手持戈矛或者刀剑四处搜索的官兵，袁术本人则是领着一队人马回到唐周的府邸，让人将唐周先押往执金吾的大牢，然后对唐府大肆搜索，寻找更多的太平道谋反证据。
结果在唐府中搜索到大量罪证，包括有京城地图，皇宫地图，宫门所在地等等要紧的东西，还搜查到了一些唐周和张角以及马元义往来信件，上面都是些大逆不道之言。
得到罪证之后，袁术当即前往宫中，面见灵帝。
看过这些信件，灵帝再无疑虑，知道这一次不是来假的，而是来真的，太平道众真的要造反闹事了！灵帝大为惊怒，立刻下令召开朝会，商讨应对措施，同时加强搜捕太平教众，以及捉拿封谞和徐奉，并且严审两人。
至于唐周，因为已经失去了应有的价值，灵帝下令将他车裂，并且是当着所有被捕的太平道信徒，让所有打算谋反的人知道这样做的后果。
这种震慑还真有作用，不少太平道众心理防线崩溃，招供出了一些同伴的藏身之所，结果更多的人被逮捕。
仅仅三天，洛阳城内被逮捕的人数已经超过了一千人，另有数百人血撒刑场。
然而此时节，远在冀州的张角没有等到唐周与马元义的捷报，却得知了灵帝已经知道他们要谋反。张角知道自己此时退无可退，其他人或许还有投降还能活下去，但是自己作为太平道首领，谋反的第一策划者，投降的结果不会比唐周更好。所以，在朝廷通传各地抓捕太平道信徒的同时，张角决定立即起事。
三月三日这天，张角以”苍天已死，黄天)当立，岁在甲子，天下大吉“，发动全国八州之地的太平道教徒一同起事。太平道教徒皆头裹黄巾以为标帜，人称“黄巾军”。张角自称“天公将军”，张宝称“地公将军”，张梁称“人公将军”，而各地的三十六方太平道教众首领则称为渠帅，数十万人声威震天。
大汉朝虽然提前发现了太平道谋反的阴谋，立即就下发了命令让各郡县抓捕太平道各方首领，并且加强训练士兵严明守卫，但是地方上武备松弛也不是一天两天的事情了。要在这几天内就恢复武备，谈何容易。
所以很多地方根本就没有来得及防备，就被群起而攻的黄巾军攻破了，尤其是在颍川周边，南阳周边以及河北的冀州幽州一带，声势浩大，大有席卷天下之势。他们烧毁官府、杀害吏士、四处劫掠，一个月内，全国八州二十八郡发生战事，黄巾军气势如虹，官府军节节败退。
而曾禹他们，因为交代了洛阳的情报负责人一直关注唐周的动静，那天袁术带人前往唐府抓捕唐周时，冯贝就知道大事发生了，立马派人火速将消息送往安平县。
信使只比谢靖晚一天抵达安平，恰好和太平道起事是同一天。他得到了确切的消息，知道很快就会有朝廷的命令下来，不过等了足足有五天，他才收到朝廷命令各地加强武备抓捕太平道信徒的命令，这还是安平县距离京城洛阳不远，至于更远的地方比如幽州等地，他们在太平道谋反时都没有等到朝廷的命令。
结果就是朝廷没有等到各处抓捕道多少太平道教徒的消息，反而是无数告急文书求援文书和州郡失守文书送到洛阳，让灵帝寝食难安，不停的召开会议做对策。
三月戊申，灵帝登台拜将，以何皇后之兄长何进为大将军，统帅全国军队，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师。
又在函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津这八个京都关口设置都尉驻防，下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军等等。同时灵帝下令紧急在京师周边招募士兵，充实中央军，准备讨伐作战。
至于派什么人出击黄巾，灵帝召开朝会与百官商议。最终决定遣北中郎将卢植、左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁分击黄巾军。
卢植身长八尺二寸，声如洪钟，从体形看上去完全就是一名武将。但他并非一般的武夫，而是一名儒将，他年少时他年少时，拜大儒马融为师，并引荐郑玄为同门。而后又拜前太尉陈球为师，在朝中大员的心中有了一定的名望。扬州九江郡多次发生叛乱，就有人以他文武兼备而举荐他担任九江郡太守，果然他很快就平定了叛乱，自此他获得了朝中士族大臣以及灵帝的认可。
正因为此，经四府即大将军、太尉、司徒、司空同意，灵帝便拜卢植为北中郎将，命护乌桓中郎将宗员任其副手，率领北军五校即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五营的主力将士，前往太平道叛乱最严重的地方——冀州进行平叛。
而皇甫嵩与朱儁调发北军五校剩下的兵马，以及河东、河内、河南的骑兵，另外再临时招募精壮之士，共计四万多人。二人各率一部，共同镇压颍川的黄巾军。
在出征之前，皇甫嵩向灵帝请求减除党锢，赦免天下党人，并且拿出中藏钱和西园厩马赐给将士。
此时的灵帝因为黄巾起义的爆发，感觉到一直在自己掌控中的大汉朝迎来的最大的危机，担心直接拒绝会引来朝中强硬的反抗，所以对于皇甫嵩的提议没有一下拒绝。
在朝会之后，他向中常侍吕强问道：“今天有人让朕解除党禁，他们在这个时候挑起这个话题是不是想威胁朕的意思？”
吕强也知道了今天在朝中发生的事情，他想了一下向灵帝说道：“党锢久积，若与黄巾合谋，悔之无救！”
灵帝一听，从心底生出一股寒意蔓延了全身，让他感觉如坠冰窖，但又有冷汗冒出。吕强的这一句话，一下子点醒了他，让他知道黄巾起义并不像表面这么简单。
士族垄断了知识，垄断了教育，他们就是不倒翁。无论是他刘氏做皇帝也好，太平道张角做皇帝也罢，统治和治理这个天下都需要他们，事实上如果真的离开了士族的支持，整个朝政会直接土崩瓦解。
而且更让灵帝心惊的是，这次党锢起自建宁二年（169年），至今已经过去了十多年。而十多年后的今天，黄巾起义汹汹而来，如果没有这写党锢士族的支持，他肯定不会相信。
这些士族在他看来都是只顾着与自己作对，跟自己争权。但是他断绝了这些士族攫取权利的机会，整整十五年下来，这些家族没有任何一人能够进入大汉朝官场，而这次的黄巾起义就是他们的报复，报复自己断绝了他们家族扩张的机会。
如果灵帝知道太平道从传教到现在谋反开始的时间，他肯定会更加确定自己的猜测。张角在灵帝建宁初开始传道，一直到光和七年起事，和第二次党锢之祸的持续时间高度重合。
缓了一会之后，灵帝说道：“党人，党人，朕恨不为高祖、孝武！“
他说的是告诉和孝武分别是汉高祖刘邦和汉武帝刘彻，这两人执政时可以说将整个天下牢牢掌握在手中，根本就没有所谓的党人，所有的命令全部出自皇宫。
于是就在第二天的朝会之上，经由灵帝同意，尚书台起草诏命，向天下宣布大赦党人，开党锢之禁，让被流放到边境的士人可以回到家乡，有才能者经过举荐、考察后可以授予官职。同时要求各公卿捐出马、弩以备军资，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试，准备作战。
虽然这是灵帝不得不妥协的结果，因为如果继续对抗下去，让士族彻底倒向太平道，那整个天下都有危险了。但是这个妥协的效果还是很大的，有了士族的帮助，整个大汉朝彻底的运转了起来。而黄巾军失去了士族的大力支持，仅仅依靠地方豪强，只会成为无根浮萍。